玛利亚号比白鹭号的情形稍稍好一点，赫本本打算返回热兰遮城，但是这时明军军舰已经完成了半月形包围，后退的道路也被阻断了，他只好下令船队向北航行，沿着白鹭号的航行的轨迹向北逃脱了明军的围堵，当然，这个过程中是免不了要吃一顿明军的炮弹的。

其他小型战舰就没有白鹭号和玛利亚号这么幸运了，它们的吨位更小，速度更慢，很快就被数量众多的明军战舰击成。

海战一共进行了不到两个时辰，明军一共损失了十五艘战舰，击成了六艘荷兰军舰，击伤了两艘，荷兰人可以调动的水面力量被一举歼灭，荷兰人失去了大海湾的制海权，从此以后荷兰人就陷入了被动挨打的境地了。

郑成功在岸上见到明军水军战胜了荷兰人的舰队，知道了此战其实已经大局已定，他松下了一口气，一面安排士兵深入岛内去收集粮食，一面安排下士兵切断了赤嵌城的水源和粮食供应。

赤嵌城的守将叫做猫难实叮，他见明军在赤嵌城的四周堆积了大量的干木柴草，心里深深忧虑，明军围成二十五天之后，赤嵌城内的水源和食物都已断绝，猫难实叮见明军守备森严，军容严整，知道突围不能成功，于是派出使者前来求见郑成功，希望能够向明军投降。

郑军于5月2日进驻赤嵌城，赤嵌城的收复标志着登陆之战阶段的结束。

这个时候热兰遮城的指挥官揆一还不知道赤嵌城已经陷落了，他派出一支三百人的军队企图从陆地上面赶去支援赤嵌城。

前去支援赤嵌城的荷军行至七鲲身，还没来得及列阵，就被郑军的藤牌兵冲垮，不得不狼狈退守热兰遮城。虽然此时热兰遮城内荷军仅有870人，赤嵌城又在郑军手上，热兰遮城已是一座孤城。但是，热兰遮城是荷兰殖民者在台湾的统治中心，城堡坚固，防御设施完整。城四隅向外突出，置炮数十尊，且炮火密集，射程远，封锁了热兰遮城周围的每条通道，荷军官兵此时也具有一定的战斗力。可郑成功对此认识不足。在猫难实叮前往热兰遮城劝揆一投降遭到拒绝之后，他于5月5日就下令军队从七鲲身南端登陆，待机而动。至24日止，郑军基本上是按兵不动，双方只是偶尔发生几次小接触，荷军为了破坏郑军即将发起的进攻，时常从城堡里抛掷炸弹和石子，伤害了不少郑军官兵。其间，郑成功曾两次写信令揆一投降均遭拒绝。24日，郑成功调集28门大炮架设在平野上，炮口对准了热兰遮城。26日凌晨，郑军向热兰遮城进行了持续八个小时之久的炮击，炸塌了部分城墙，荷军亡4人，伤者数人。热兰遮城的坚固恰恰在这里发挥了“作用”，揆一凭借坚城，下令荷军尽可能隐蔽，不许反击。当郑军炮击接近尾声，步骑兵向热兰遮城推进时，荷军炮兵突然轰击，郑

军士兵猝不及防，伤亡甚重。出乎郑成功意料的是，当天下午，一股荷军居然杀出城，并从郑军手中

“夺到了一门发射六磅炮弹的大炮和三匹战马”。

郑成功大怒，下令陆军猛攻热兰遮城，明军一连攻了三天时间，几乎每支部队都上了战场，三天时间不仅没有攻下热兰遮城，而且明军士兵伤亡人数达到了三千余人。